Con poco más de un siglo de vida, en 1670, la ciudad de San Juan sólo tenía entre 180 y 200 pobladores. En 1770, los habitantes de San Juan ya eran 7.000 y alrededor del año 1800 la población había crecido a casi 13.000 habitantes.
Durante la época hispana era posible distinguir cuatro grupos sociales: los blancos (españoles y criollos, o sea hijos de españoles nacidos en América); los indios; los mestizos (nacidos de la unión de indios y blancos) y los negros y mulatos, estos últimos nacidos de la unión de blancos y negros.
Los españoles que habitaban estas tierras encabezaban las actividades políticas, militares, económicas y sociales. Sin embargo, a pesar de este privilegio, pronto en Cuyo los criollos e incluso algunos mestizos compartieron cargos en la política, la iglesia, el ejército y el comercio. De todos modos, la mayoría de la población mestiza estaba dedicada a distintos oficios.
Los indios, por su parte, vivían agrupados en reductos ubicados en Catalve o Calingasta, Pismanta, Jáchal, Mogna, Valle Fértil, Tulum y Huanacache. Su destino en la ciudad era la servidumbre y los trabajos forzados. Muchos fueron trasladados a trabajar a Chile y otros huyeron. Los pocos negros y mulatos que vivían en San Juan eran esclavos en casas de familias pudientes o en conventos.
Desde su fundación y hasta 1776 San Juan pertenecía al Corregimiento de Cuyo, que dependía de la Gobernación de Chile y ésta, a su vez del Virreinato del Perú. En el Corregimiento de Cuyo la máxima autoridad era el Corregidor y Justicia Mayor, instalado en Mendoza. En San Juan la autoridad era el Teniente Corregidor.
En agosto de 1776 fue creado el Virreinato del Río de la Plata y entonces Cuyo pasó a depender de la Gobernación Intendencia de Córdoba. En 1782 desapareció el Corregimiento de Cuyo y la región fue dividida en tres Comandancias, gobernadas por un Comandante de Armas. Esta fue la forma de gobierno hasta 1810.
San Juan, al igual que todas las ciudades, tenía un Cabildo, que era la institución que regía la vida diaria de los habitantes. Estaba integrado por vecinos que debían saber leer y escribir y tener un oficio honesto. El Cabildo resolvía cuestiones judiciales en los ámbitos civil, comercial y criminal; en lo político podía dictar ordenanzas, defender los derechos de los vecinos o reemplazar a los gobernantes, y entre las funciones administrativas, se ocupaba de la instrucción de los niños, el funcionamiento de hospitales y autorizaba gastos para realizar trabajos para el mejoramiento de la ciudad.
Tierras fértiles, agua e indios para trabajar fue la riqueza que los españoles encontraron en San Juan. Así fue como, de buscadores de oro y tesoros, los conquistadores se convirtieron en agricultores. Desde Chile los primeros colonizadores trajeron a Cuyo el trigo, la cebada y los frutales que antes habían llevado al vecino país desde España. De la misma manera habrían sido introducidos la vid y el olivo que rápidamente se convirtieron en los principales cultivos. Sin embargo, la economía colonial en Cuyo debió enfrentar siempre problemas debido a decisiones de España como prohibir loscultivos de vid y olivos o abrir el puerto de Buenos Aires a productos europeos que competían con los de las regiones.
Además de vinos, San Juan vendía aguardiente y fruta seca a Chile, Buenos Aires, Córdoba, Tucumán y el litoral. Otras actividades económicas eran la molienda de trigo y la preparación de cueros de vicuña. El transporte de vinos y otros productos para la venta se hacía en mulas; con el tiempo se comenzaron a utilizar carros tirados por bueyes.
En Jáchal y Valle Férftil eran importantes los potreros de alfalfa, lo que permitía la crianza de ganado vacuno, caprino y ovino.
En la época colonial en San Juan era muy importante la industria doméstica, que estaba a cargo de las mujeres de la familia y la servidumbre. En las casas se preparaban dulces, conservas, arrope, velas de cebo, jabón con semillas de zapallo, polvo de arroz para la cara, almidón de trigo para la ropa, y muchos productos más. Las mujeres alternaban estas tareas productivas con el cuidado del hogar y de los hijos, así como bordados, costuras y tejidos.
Las comunicaciones y los transportes en la época colonial eran muy precarios y lentos. El medio de transporte de mercancías en esta época era la carreta tirada por bueyes; algunas también trasladaban pasajeros. Sin embargo, para el traslado de personas se usaba la galera, que era un coche más rápido, tirado por caballos. Según el medio de transporte, llegar de San Juan a Buenos Aires podía demorar entre 45 días y 2 meses. Los viajeros paraban en postas del camino, y eran acompañados por hombres armados ante el peligro de los nativos en ciertas partes del recorrido.
El chasqui era el transporte de la correspondencia, que también tardaba semanas o meses en llegar, según las distancias.
Peñalosa de Varese, Carmen y Arias, Héctor: Historia de San Juan, Editorial Spadoni, Mendoza, 1966
Videla, Horacio: Retablo Sanjuanino, Universidad Católica de Cuyo, San Juan, 1998
Videla Horacio: Historia de San Juan - Tomo I (Época Colonial) 1551-1810, Academia del Plata, Buenos Aires, 1962