El Colegio Nacional de San Juan fue el tercero que funcionó en la República Argentina. Sus antecedentes se remontan a 1853 cuando un educador chileno, don Pedro Alvarez, crea un colegio particular. En 1862, durante la Gobernacion de Domingo Faustino Sarmiento, se crea un Colegio Preparatorio, sobre la base del anterior donde se enseñaba latín, álgebra, francés, inglés dibujo, geometría, física, mineralogía, bellas letras y economía política. El decreto de creación fue firmado el 21 de mayo de 1862 y constaba de 15 artículos, el primero de los cuales decía: “créase con el título de Colegio Preparatorio, una casa pública de instrucción científica preparatoria de la universitaria”.

El mismo Sarmiento inició las gestiones para que el colegio se ubicara en un pie de igualdad con su similar porteño ya que dependía directamente de la Universidad de Buenos Aires. El 29 de julio de 1862 el presidente Bartolomé Mitre autorizó el funcionamiento y se realizó un acto en el que hablaron el director, don Pedro Alvarez, don Ignacio Richard y el gobernador Sarmiento.

 En 1864, el presidente Bartolomé Mitre, firmó el decreto por el que se creó el Colegio Nacional. Trece días después, la provincia cedió por una ley lo que era el Colegio Preparatorio. A partir de ahí, nace una riquísima historia, en la que el Colegio fue protagonista de hechos históricos. Por ejemplo, en 1867, funcionó como cuartel, al ser ocupada San Juan por fuerzas invasoras de Mendoza al mando del Manuel Olascoaga.

En 1894, el edificio fue afectado por un terremoto y hasta 1922 fue cárcel pública. Los actuales pabellones se iniciaron en 1924 y el salón de actos fue hospital improvisado los días siguientes al terremoto de 1944. Pero aparte de los hechos históricos, cabe destacar que por sus aulas pasaron ya como docentes ya como alumnos, la mayoría de los gobernadores y hombres públicos importantes que tuvo San Juan.

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