La provincia no pudo escapar de las penurias de la guerra entre unitarios y federales, iniciada en 1820 a nivel nacional por la elección de un modelo de país.
Al fracasar en Congreso de 1824, convocado para organizar el país, recomenzaron los enfrentamientos. Frente a la Liga Unitaria, el caudillo federal Facundo Quiroga se impuso en todo el interior, incluyendo a San Juan, y logró que las provincias rechazaran la Constitución unitaria de 1826, de régimen presidencialista. Recién en 1831, finalizada la guerra civil entre unitario y federales,surgió la esperanza con el Pacto Federal que recibió la adhesión de las provincias, incluyendo a San Juan.
Luego de la muerte de Facundo Quiroga en 1835, la figura de Nazario Benavides ocupó todo el escenario local. En 1836 fue elegido gobernador y se mantuvo en su puesto hasta 1855, mediante reelecciones sucesivas. Hombre de Rozas, fue considerado por sus contemporáneos como un caudillo federal, estricto y paternal, pero tolerante con sus opositores.
Su obra de gobierno fue muy valiosa. Con el apoyo de figuras de diferentes sectores logró resultados muy positivos en su administración. Se destacan la construcción del dique San Emiliano y el Reglamento de irrigación para impedir las inundaciones del río San Juan y aprovechar nuevas tierras. Como militar, el caudillo alcanzó gran autoridad en toda la región oeste de la Confederación, debido a su capacidad de organización y de combate, demostrada en sus triunfos contra la Coalición del Norte y frente al caudillo riojano, Chacho Peñaloza.