En 1770 participó de la campaña para desalojar a los ingleses de Puerto Egmont en las Islas Malvinas. Era hijo de Nicolás de Bolaños y Narcisa Quiroga y del Carril.
El coronel argentino Juan José Bonifacio Bolaños nació en la ciudad de San Juan el 14 de mayo de 1751, siendo sus padres Nicolás de Bolaños y Narcisa Quiroga y del Carril. Sentó plaza como cadete del Regimiento de Infantería de Buenos Aires, el 20 de febrero de 1768, asistiendo en tal carácter, en 1770, a la expedición hecha a las Islas Malvinas, comandada por Juan Ignacio de Madariaga, para desalojar a los ingleses de Puerto Egmont.
Ascendió a subteniente del precitado Regimiento el 30 de abril de 1779; y a teniente, el 25 de agosto de 1786. Dos años después fue designado comandante de la escolta de la 3ª partida demarcadora de límites. Fue promovido a ayudante mayor el 20 de marzo de 1796, y a capitán, el 7 de enero de 1799, grado con el cual participó en 1801 en una expedición contra los portugueses. Tomó parte en la Reconquista de Buenos Aires, el 12 de agosto de 1806, así como en la memorable Defensa de los días 5 y 6 de julio de 1807.
La Revolución de Mayo lo contó entre sus decididos partidarios, y la Junta de Gobierno lo destinó al Ejército Auxiliar del Perú, con el cual se batió en Cotagaita, el 27 de octubre de 1810, y en Suipacha, el 7 de noviembre del mismo año. Fue ascendido a teniente coronel del Regimiento Nº 6 de Infantería, el 3 de noviembre de 1810, grado con el cual asistió a la desastrosa batalla de Huaqui o Yuraicoraguá, donde comandó una división del ejército patriota.
Fue designado teniente gobernador de Mendoza el 7 de enero de 1812, ejerciendo aquel cargo hasta el 1º de diciembre del mismo año, fecha en que le sucedió el ministro de la Real Hacienda Alejo Nazarre. En marzo de 1813 fue nombrado teniente gobernador de Jujuy en sustitución del coronel Francisco Pico, ejerciendo el cargo hasta los primeros días del año 1814, en que los patriotas abandonaron aquella ciudad ante la aproximación de las fuerzas realistas comandadas por el general Juan Ramírez de Orozco.
El 28 de enero de 1814, Bolaños obtuvo su retiro a Inválidos, en la ciudad de Córdoba, falleciendo en Buenos Aires el 24 de enero de 1814.
El comportamiento del coronel Bolaños en la batalla de Huaqui fue muy distinguido, dentro de la situación embarazosa en que se halló ante las reiteradas órdenes que recibió del general González Balcarce, de marchar con la artillería de inmediato en cualquier forma, tropezando Bolaños con dificultades de todo orden para cumplimentar aquellas disposiciones. No obstante todo su empeño, no logró ni siquiera atenuar la formidable derrota que sufrían ya los patriotas cuando logró hacer jugar los cañones con efecto. Durante la retirada desordenada del Ejército Auxiliar después de Huaqui, Bolaños prestó buenos servicios para restablecer la confianza en las tropas, y desde Mojos los generales se adelantaron, continuando aquél a cargo del ejército hasta la llegada a Jujuy, punto donde se dio término a la retirada del Desaguadero.
Bolaños junto con el coronel José Javier Aparicio, colaboró con el coronel mayor Juan Bautista Bustos en la defensa que debió hacer de la posición del Fraile Muerto el 9 de noviembre de 1818, contra los montoneros de Santa Fe; en la cual también intervinieron los tenientes coroneles Francisco Bedoya y Francisco Sayós.
El coronel Bolaños era casado con Teresa de Alagón, hija de Sixto de Alagón, de Río Grande, y de doña Escolástica de Casero.
Árbol Genealógico del Coronel Bolaños:
(Fuente Efemérides – Patricios de Vuelta de Obligado. Portal www.revisionistas.com.ar Yaben, Jacinto R. – Biografías Argentinas y Sudamericanas – Buenos Aires 1938)