2000
Por haber llegado al límite de edad, deja el obispado de San Juan monseñor Ítalo Severino Di Stéfano quien posteriormente se radicaría en su provincia natal, Santa fe. En mayo asume como arzobispo monseñor Alfonso Delgado, quien pasa a ser así, uno de los dos obispos argentinos pertenecientes al Opus Dei.
En todos los municipios se levantan mástiles con la bandera argentina. Se observa una gran recesión en todo el país. En la Universidad Nacional de San Juan se crea la carrera Abogacía, que comienza a funcionar con una cantidad record de alumnos inscriptos. A fines del año 2000 comenzaron los retrasos en los pagos a la administración pública.
2001
Se agudizan los problemas en la administración por atrasos salariales. Renuncian algunos diputados. Hay movilizaciones en toda la provincia, promovidas por diferentes gremios estatales. Los bancos no reintegran los depósitos a plazo fijo. Se crea la carrera Contador Público Nacional en la Facultad de Ciencias Sociales de la UNSJ.
Es destituido el gobernador Alfredo Avelín y asume el vicegobernador Wbaldino Acosta. Comienzan a normalizarse los salarios públicos. El senador José Luis Gioja es electo presidente de la Cámara de Senadores de la Nación y queda a cargo del Poder Ejecutivo en un par de oportunidades. Se anuncia la construcción de los puentes en las rutas a Caucete y Albardón y la puesta en marcha de la Fábrica de Galletitas. En octubre muere el arzobispo Ítalo Severino Di Stéfano.
2002
2003
Triunfa en las elecciones el justicialismo y asume como gobernador José Luis Gioja y vicegobernador Marcelo Lima.
2004
Se anuncia la continuidad de la obra del Dique Los Caracoles y se asegura los fondos para las obras en el Hospital Guillermo Rawson. En febrero se incendia el rectorado de la Universidad Nacional de San Juan y en 2005 compra el edificio del ex banco Hipotecario.
2005
Se anuncia la continuidad de las obras del Centro Cívico y la forestación de la Av. De Circunvalación. Se crea la carrera de Agronomía en la Facultad de Ingeniería de la UNSJ. En octubre Del Bono es campeón del torneo de fútbol sanjuanino por primera vez en su historia.
En las elecciones legislativas nacionales por primera vez en la historia una fuerza política –El Frente para la Victoria - triunfa en todos los departamentos
Se anuncia el traslado del casino y la construcción del hotel 5 estrellas en el departamento de Rivadavia.
2006
En febrero, después de casi diez años suspendida, volvió a realizarse la Fiesta del Sol con el desfile de los carruseles y el espectáculo final en el Autódromo El Zonda.
El 5 de junio se inauguró la primera parte del Centro Cívico. El presidente Néstor Kirchner y su esposa, Cristina Fernández, viajaron a la provincia para participar de la ceremonia inaugural.
El 10 de julio se abrió por primera vez las puertas del Centro Cívico al público y se puso en funcionamiento parte de las dependencias.
El 27 de octubre José Luis Gioja fue reelecto gobernador de San Juan y como vicegobernador fue electo Rubén Uñac.
El 10 de junio la Universidad Nacional de San Juan renovó sus autoridades y Benjamín Kuchen fue elegido como rector por tercera vez consecutiva, después de hacer una modificación al estatuto universitario que permitió por única vez la re-reelección.
El 10 de octubre comenzó a llenarse el embalse y dique Caracoles. La presidenta Cristina Fernández de Kirchner, por teleconferencia desde Buenos Aires, dio la orden de bajar las compuertas de la represa hidroeléctrica.
En diciembre se inauguró un nuevo paseo comercial sobre calle Libertador, “Patio Alvear”.
El 30 de abril quedaron terminadas e inauguradas las obras del Centro Cívico.
El 18 de junio se inauguró el nuevo edificio del Hospital Dr. Guillermo Rawson. La presidenta Cristina Fernández de Kirchner estuvo presente para esa ocasión, en la que quedaron inauguradas dos de las tres fases de la construcción del nosocomio central de San Juan.