Las Lagunas de Guanacache son un testimonio ancestral de lo que una vez fue San Juan hace millones de años, un extenso cuerpo de agua que alguna vez pudo haber sido una laguna o un mar milenario. Fueron el principal sustento de las comunidades Huarpes que las ocuparon desde el siglo IV hasta la llegada de los españoles en el siglo XVI. En décadas recientes, estas lagunas han experimentado un proceso de desecación que las ha llevado al borde de la desaparición, sin embargo, aún resisten los efectos de la naturaleza y la intervención humana. En estos lugares, diversos factores convergen para propiciar el surgimiento de la vida. El viento transporta arena y vegetación, esparciendo semillas y facilitando su germinación, lo que promueve la supervivencia y el crecimiento de las plantas.
El área fue designada como "Sitio Ramsar Lagunas de Guanacache, del Bebedero y del Desaguadero" en 1999, abarcando una extensión de 962.370 hectáreas que incluyen territorios de San Juan, Mendoza y San Luis, con 248 mil hectáreas en la provincia. Ante la pérdida de importantes humedales en el siglo XX debido a la actividad humana, la UNESCO promovió un tratado internacional para fomentar la cooperación entre países en la conservación y uso sostenible de los humedales. La Convención Ramsar identifica humedales de importancia internacional, especialmente aquellos que sirven como hábitat para aves acuáticas.
Estas lagunas poseen características sociales, culturales, históricas y ambientales únicas. Antiguamente habitadas por pueblos originarios que las utilizaban como base para sus actividades agrícolas y ganaderas, hoy en día solo quedan alrededor de dos mil habitantes que mantienen costumbres y tradiciones arraigadas, autodenominándose "Laguneros". Dentro de este territorio, se encuentran diversos hábitats que albergan una variedad de flora y fauna.
El hábitat lacustre, caracterizado por cuerpos de agua como lagunas y ciénagas, es modificado por la dinámica de llenado y secado, lo que resulta crucial para la fauna local. En las áreas secas y salinas, se encuentran superficies formadas por barriales secos con alta salinidad, que albergan distintos tipos de matorrales y bosques. Los médanos y arenales, algunas de las extensiones de arena más grandes de la provincia y el país, son hábitats importantes para varias especies de juncales, pastizales y pajonales. Además, contienen cuencas aluviales que contribuyen al abastecimiento de agua de las lagunas de manera autónoma.
El Campo Eólico de Médanos Grandes, ubicado al sudeste de la provincia de San Juan, es uno de los más extensos del país y contiene distintos tipos de dunas, atrayendo la atención a nivel internacional. La actividad eólica en esta área da lugar a grandes megaformas con alturas de hasta 70 metros y espaciamientos de 2 mil metros, modeladas por la acción del agua, la vegetación, la arena y el viento, creando formas misteriosas en el desierto sanjuanino.