Las órdenes religiosas que llegaron a San Juan lo hicieron principalmente desde Chile a Jáchal y Valle Fértil antes de la fundación de esas ciudades, y después se trasladaron a San Juan. Dependieron del Obispado de Chile hasta el siglo XIX. Los jesuitas en nuestra provincia misionaron en Valle Fértil, en el sur – Huanacache – y en otros lugares. Crearon la primera escuela de San Juan en el año 1655; plantaron viñedos y construyeron una bodega en la zona de Puyuta (Desamparados); tenían un molino, fabricaban harina, pan, jabón, aguardiente y comercializaban la fruta que producían. En lo que hoy es conocida como la “Esquina Colorada” funcionaba una pulpería.
Se marcharon de la provincia poco tiempo después de ser expulsada la orden de América en 1767. Los mercedarios, orden que nació en España para rescatar cautivos, fueron los primeros en educar a los nativos hacia el 1600. Los dominicos, franciscanos y agustinos también hicieron su labor religiosa y cultural. Estas órdenes estuvieron en San Juan hasta mediados del siglo XIX, cuando fueron clausurados sus conventos por el gobierno reformista de Salvador María del Carril.
Hasta 1561, Cuyo dependió eclesiásticamente de Charcas y después del Obispado de Chile hasta el siglo XIX.
En la fundación de San Juan no hubo ningún sacerdote.
El primer párroco de Cuyo (Mendoza y San Juan) fue el Padre Luis Bonifacio (1565).
En 1601, el obispo de Chile fundó 11 parroquias rurales, entre ellas la de San José de Jáchal y Valle Fértil.
En la actual Iglesia del Convento Santo Domingo de San Juan se lee en una gran placa de mármol que el Papa Pío VI dispuso que: “Nuestra Señora del Santísimo Rosario sea Patrona de San Juan de la Frontera y de todo Cuyo; y como segundos patronos: de San Juan, a San Juan Bautista; de Mendoza, a Santiago Apóstol; y de San Luis, a San Luis Rey de Francia”. La fecha es del 15 de septiembre de 1790, y quien comunica es el obispo de la catedral de Santiago de Chile, Mons. Don Blas Sobrino y Minayo.