El Río San Juan de Argentina nace en la cordillera del Límite, en la provincia de San Juan, a partir de una densa red fluvial que confluye formando los ríos Castaño y de los Patos. De la unión de éstos se origina, en el valle de Calingasta, el San Juan, que cruza la Precordillera a través de una garganta abrupta. En su recorrido atraviesa toda la provincia de San Juan en dirección noroeste-sureste y el noroeste de Mendoza, actuando de línea divisoria entre ambas.
En su recorrido el Río San Juan tiene los diques Cracoles, Punta Negra y el de Ullum
El Río San Juan es una fuente de vida para los valles de Ullum, Zonda y Tulum. En sus comienzos los huarpes lo llamaron Putu.
Actualmente, el río casi no tiene afluentes, los únicos que reciben se incorporan por su margen derecho y son el río Saso y el río Uruguay, que aportan en forma permanente caudales no muy abundantes. En su largo recorrido por extensas quebradas no recibe aguas por su margen izquierdo, eso se debe a la sequedad extrema que caracteriza las zonas cordilleranas
El San Juan se alimenta de su cuenca superior, donde existen glaciares y campos de nieve en las grandes altitudes, ya que a partir del área precordillerana predominan las condiciones climáticas típicas de desierto. El río se ensancha en el valle de Ullum o Zonda, donde el aprovechamiento de sus aguas ha configurado el oasis principal de la provincia, en el que se halla la capital. Su caudal medio es de 60 m3/seg y su régimen es nivo-glaciar.
El río San Juan ofrece pesca desde su nacimiento hasta el lugar de su muerte. Hasta 1885, cuando llegó en ferrocarril a San Juan, sólo se consumía pescado del río. Los vendedores se instalaban en la vieja calle El Pino, hoy Patricias Sanjuaninas, detrás del colegio Don Bosco y constituían ferias primitivas. Don Pascual Gallerazo, llegado de Italia en 1902, fue el primero que estableció un puesto para la venta de pescado en el viejo Mercado Flores, ubicado en calle Mitre con salida a Santa Fe, entre avenida España y Salta.