El origen del Paso de Agua Negra se remonta a una iniciativa promovida durante la gobernación de Federico Cantoni en 1932, con el propósito de fortalecer los lazos entre San Juan y Chile. Lo que comenzó como un proyecto ambicioso requería no solo de gestiones políticas, sino también de una inversión considerable y un esfuerzo continuo a lo largo de varias décadas. Tras treinta años de trabajo y enfrentando diversos desafíos, finalmente se materializó la apertura del paso, inicialmente conocido como Presidente Perón.
Durante la década de 1950, la importancia estratégica de la zona se acentuó con el desarrollo de yacimientos mineros en Arrquintín y Agua Blanca, lo que evidenció su potencial para la unión económica y productiva de la región. Sin embargo, problemas técnicos y financieros llevaron a la paralización de las obras en la segunda mitad de la década.
En 1963, ante esta situación, se planteó una iniciativa privada para construir una ruta internacional alternativa, pero la administración de Leopoldo Bravo decidió retomar el proyecto original, invirtiendo en la recuperación del camino de Agua Negra, que finalmente se inauguró en 1965.
En las décadas siguientes, eventos políticos como el conflicto por el Canal de Beagle y cambios de gobierno afectaron la continuidad del paso internacional. Sin embargo, con el retorno de la democracia en Argentina y el liderazgo de figuras como José Luis Gioja, se retomaron las gestiones para su reapertura y la construcción del túnel.
Durante el gobierno de Gioja, se fortalecieron los lazos de amistad y cooperación entre Argentina y Chile, con el objetivo de unir productivamente a toda América Latina con los mercados asiáticos. Se llevaron a cabo numerosos estudios y se firmaron acuerdos internacionales para impulsar el proyecto.
En 2009, se inició una nueva etapa con el encargo de estudios y diseños técnicos, culminando en la presentación de los cálculos oficiales de costos. A pesar de los desafíos financieros, se avanzó en la búsqueda de fondos y en la promoción del proyecto a nivel internacional.
El liderazgo de Gioja fue fundamental en la promoción del túnel como un eslabón clave del Corredor Bioceánico, lo que culminó en la firma de un memorando de entendimiento entre los presidentes de Brasil, Argentina y Chile en 2009. Este evento marcó el inicio de la creación de una entidad binacional para coordinar los estudios y dirigir las etapas de construcción.
Finalmente, en 2010 se constituyó el EBITAN, con el objetivo de avanzar en los trámites necesarios para hacer realidad este ambicioso proyecto que impulsará el desarrollo integral de la región.